Günther XL. (reg. 1525/26 - 1552) gehört unzweifelhaft zu den herausragenden Vertretern seines Hauses. Vom Vater im Alter von nicht einmal elf Jahren zum Studium an die Universität Leipzig geschickt, verbrachte er seine Knappenzeit auch am Hof Kurfürst Friedrich des Weisen von Sachsen (reg. 1486 - 1525). Obwohl gut auf die zukünftige Übernahme der Herrschaft vorbereitet, trat dieser Umstand für ihn völlig unvermittelt ein. Die Ereignisse des Deutschen Bauernkrieges machten auch vor den Grenzen der schwarzburgischen Gebiete nicht Halt.
Im April 1525 erfasste der Aufruhr die Residenzstädte Sondershausen und Frankenhausen. Die wenigen Bewaffneten, die sich der Erstürmung von Schloss Frankenhausen widersetzten, wurden schnell überwunden. Graf Heinrich XXXI. , mit der Situation vollkommen überfordert, legte die Regierung in die Hände seines Sohnes Günther XL. Nachdem Frankenhausen zum Zentrum des nordthüringischen Aufstandes wurde und Hilfe seitens Thomas Müntzers zugesagt bekam, unterzeichnete Günther Anfang Mai 1525 in Müntzers Lager bei Ebeleben die Artikel der Aufständischen und wurde in deren Verbündnis aufgenommen.
Dies trug ihm nach der vernichtenden Niederlage der Aufständischen Zorn und Ungnade seines Oberlehnsherren Herzog Georg von Sachsen ein. In dem Herzog Georg dass sächsisch–albertinische Lehen Frankenhausen an sich nahm, entzog er Günther XL. den bedeutsamsten Teil seines Gebietes. Erst nach 1530 erhielten Günther XL. und sein jüngerer Bruder, Heinrich XXXIV., Frankenhausen mit der Auflage zurück, die Stadt beim katholischen Glauben zu halten und keine evangelischen Prediger in ihrem Herrschaftsbereich wirken zu lassen.
Im Jahre 1533 teilten die Brüder die schwarzburgische Unterherrschaft insoweit, als Günther XL. die Herrschaft Sondershausen erhielt. Während in der schwarzburgischen Oberherrschaft die Reformation Fuß gefasste hatte, führte sie Günther XL. in den unterherrschaftlichen Gebieten erst nach Herzog Georgs Tod 1539 zögerlich ein. Sein vorsichtiges Taktieren zwischen dem katholischen Kaiser Karl V. und den protestantischen Kurfürsten (Ernestiner bis 1547) von Sachsen ließ ihn im Schmalkaldischen Krieg 1546/47 zwischen die Fronten geraten. Er kam sowohl den Aufforderungen Kurfürst Johann Friedrich des Großmütigen als auch Herzog Moritz von Sachsen nach und stellte beiden Seiten Bewaffnete.
Kurfürst Johann Friedrich besetzte jedoch 1546 Sondershausen und Günther XL. entwich zu Kaiser Karl V. Erst der Sieg der kaiserlichen Seite in der Schlacht bei Mühlberg 1547 machte ihm den Weg für die Rückkehr frei. Auch danach blieb die enge Bindung an den Kaiser ein entscheidendes Moment in der Politik des Hauses Schwarzburg. Nur der jeweils regierende Kaiser vermochte die Grafen von Schwarzburg vor einer Herabdrückung zu gewöhnlichen Landständen der Kurfürsten und Herzöge aus dem Hause Wettin zu bewahren. Seit 1528 war Graf Günther XL. mit Elisabeth, einer geborenen Gräfin von Ysenburg-Büdingen, verehelicht. Gräfin Elisabeth sollte 1552 Anteil haben an der Umwandlung von Teilen des Zisterzienser-Klosters in eine Schule.
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