Die Ausstellung „Urgeschichte“ gibt eine umfassende Übersicht über alle Siedlungsperioden in der Kyffhäuserregion. Hier sind bemerkenswerte Funde aus allen steinzeitlichen Perioden ausgestellt.
Von europäischer Bedeutung sind Jadebeile aus dem Neolithikum, die im Kyffhäuserkreis gefunden und um 3.600 v.Chr. hergestellt wurden. Das grünliche Gestein stammt aus Steinbrüchen in den italienischen Alpen. Die Jadebeile gelangten über die Alpen und das Pariser Becken bis nach Thüringen und wurden über 800 Jahre lang für rituelle Handlungen benutzt. Der sesshaft gewordene Mensch lebte mit seinen Haustieren und auch Fledermäusen zusammen