Ihren Kampfeswillen konnten die Aufständischen schon am 14.Mai gegenüber den angerückten verbündeten Fürsten, Landgraf Philipp von Hessen (reg. 1509/1518–1567) und Herzog Heinrich der Jüngere von Braunschweig (reg. 1514–1568), unter Beweis stellen. Es gelang ihnen, den Angriff der beiden Fürsten, gestützt auf die befestigte Stadt, abzuwehren und zum Abrücken zu bewegen.58

Der Landgraf ersuchte nun seinen Schwiegervater, Herzog Georg von Sachsen, um baldiges Erscheinen und formierte seine Kräfte neu.59 Entsprechend den Ausführungen Landgraf Philipps, hatten die Aufständischen bereits an diesem Tag mit der Errichtung einer Wagenburg begonnen. Am darauffolgenden Tag, Montag, den 15. Mai 1525, fiel dann die Entscheidung. Durch das Eintreffen Herzog Georgs verstärkte sich die Zahl der Bewaffneten auf fürstlicher Seite auf ungefähr 6000 - 6500.60

Bei den Aufständischen wird gemeinhin von einer Zahl von etwa 6000 bis 8000 ausgegangen. Zwischen den Aufständischen und den Fürsten geflogene Verhandlungen, die sich um die Auslieferung von Thomas Müntzer und die Ergebung der Aufständischen auf »gnad und ungnad« drehten, blieben ohne Ergebnis.61 Noch vor Ablauf einer vereinbarten Waffenruhe wurden die Aufständischen von den vereinigten Truppen der Fürsten angegriffen.

Größeren Widerstand hat die Mehrzahl, der auf dem »Weißen Berg« oder auch »Kahlen Berg« genannten Höhengipfel nördlich der Stadt am Südrand des Kyffhäusergebirges in der errichteten Wagenburg versammelten Aufständischen, kaum geleistet. Die Schlacht ist vielmehr als ein Gemetzel der fürstlichen Truppen an der in der Mehrheit Fliehenden anzusehen. Glauben wir den Schilderungen der am Kampf beteiligten Kontingente des Kurfürsten von Brandenburg, befanden sich innerhalb der Wagenburg rund 4000 Aufständische, die vor allem durch den Einsatz der fürstlichen Geschütze und anschließend der Reiterei bedrängt und zur Flucht hinter die vermeintlich schützenden Mauern der Stadt genötigt wurden.62

Übereinstimmend berichteten sowohl die Brandenburger als auch Landgraf Philipp von der Einnahme der Stadt, dem Töten zahlreicher darin befindlicher Flüchtender und ihrer Plünderung. Ebenso übereinstimmend berichteten Landgraf Philipp von Hessen und Herzog Georg von etwa 600 Gefangenen, die nach Einnahme der Stadt gemacht wurden. 63Unter den Gefangenen wie den Gefallenen befanden sich Einwohner Frankenhausens. 64Über die Zahl der Gefallenen und Getöteten gehen die Angaben auseinander.

Die Angabe von Herzog Georg über rund 6500 Getötete und 600 Gefangene bei etwa 7000 aufständischen Bauern und Bürgern ist bereits zu hinterfragen. In seinem Schreiben vom 17. Mai 1525 an Erzbischof Albrecht von Mainz und Magdeburg (1490–1545) sprach Wolf von Schönburg (1482–1529) von rund 5000 Toten, zu denen jedoch immer wieder weitere gefunden wurden.65

Angesichts der maximalen Gesamtzahl der Aufständischen von 8000 Mann zuzüglich der nicht am Kampf beteiligten Einwohner dürfte die Zahl der Toten und Gefangenen die Zahl 7000 Tausend keinesfalls überschritten haben.66 Bereits kurz nach der Schlacht wurde nach von Schönburg mit der Bestattung der Toten begonnen. Bezüglich der Bestattungsorte gibt es auf Grund fehlender Untersuchungen nur zwei haltbare Angaben. Zum einen die Fläche des ehemaligen Schlossgartens östlich von Schloss Frankenhausen (ehemals Standort der Unterburg) und die Ostseite des heutigen Stadtparks nordwestlich des Stadtgebietes an der Straße Richtung Kyffhäuser-Denkmal.67 Lokalhistoriker Horst Müller vermutete, dass angesichts der großen Zahl Toter die Angehörigen aus den nahegelegenen, umliegenden Ortschaften aufgefordert worden sein konnten, ihre Angehörigen zu bergen und in die Heimatorte zu verbringen.68 Ums Leben gekommen sind Einwohner der Stadt am Tag der Schlacht sowohl außerhalb der Stadtmauern als auch hinter diesen.69 In seinem Schreiben an Dr. Martin Luther (1483–1546) vom 21.Mai 1525 schilderte der mansfeldische Rat, Johann Rühl, die Situation folgendermaßen:

Von Johann Rühl erfuhr M. Luther auch Ausführlicheres über die Gefangenschaft von Thomas Müntzer, dessen Schicksal sich mit der Niederlage der Aufständischen bei Frankenhausen besiegelte.71 Eingedenk der Verluste unter den zumindest männlichen Einwohnern ging das Leben weiter. Am 19. Mai stellte Herzog Georg von Sachsen den Frankenhäuser Einwohnern einen Schutzbrief aus, der sie vor weiterer Willkür bewahren und ihr Eigentum schützen sollte.72

Herzog Georg, der »ſtadt und los Franenhauſen als eyn offentli raubhaus und zuflut aer untugent und beedigung ſeynes furſtentums« ansah, entzog den Grafen von Schwarzburg die Stadt.73 Als Grund nannte er ihr Verhalten im Bauernkrieg, in dem sie sich dem Aufruhr nicht energisch entgegengestellt hatten. Über den Zeitrahmen wie lange Herzog Georg Frankenhausen den Schwarzburgern vorenthalten hat, gibt es bislang keine stichfeste Angabe. Im Dezember 1525 verwies er Graf Ernst II. von Mansfeld betreffs seiner Schadenforderungen an die Schwarzburger, da er ihnen Frankenhausen wieder eingeräumt habe.74

Andererseits wirken in den Jahren danach noch immer überwiegend römisch-katholische Adlige aus der Region, wie Apel von Ebeleben (um 1460 – nach 1526), als Statthalter des Herzogs in der Stadt.75 Nach Johann Friedrich Müldener erhielten die Schwarzburger Frankenhausen 1530 unter der Bedingung zurück, »daß der gölie Dienſt na der Römien Kiren-Ordnung und Saung in der Stadt Frankenhauſen wieder angeſteet und gehalten, au die Kiren und Clöſter refiiciret und in vorigen Stand gebrat würden«.76

Festgehalten werden kann, das Herzog Georg die Stadt keinesfalls sofort an die Grafen von Schwarzburg zurückgab und sich auch nach 1530 Eingriffsrechte vorbehielt. So wurde die 1532/1533 vollzogene Landesteilung zwischen den Brüdern Graf Günther XL. von Schwarzburg und Graf Heinrich XXXIV. von Schwarzburg (reg. 1533–1537) in Anwesenheit von Herzog Georg und seinen Räten in Dresden vollzogen, nachdem die Erwartungshaltung der Sachsen deutlich gemacht worden war.77

Graf Heinrich als dem jüngeren der Brüder stand nach sächsischem Recht die Wahl zu, während Graf Günther die zu wählenden Teile proportioniert hatte. Heinrichs Wahl fiel auf Frankenhausen. Die Landesteilung von 1532, einschließlich ihrer Nachverhandlungen 1533, sahen bezüglich des sonst üblichen gemeinsamen Bergregals eine Einschränkung vor.78

Nur die Nutzung war den beiden Brüdern gemeinsam. Die Regierungsgewalt lag im Frankenhäuser Herrschaftsgebiet nun allein bei Graf Heinrich. Das betraf auch das Frankenhäuser Salzwerk, in dem er die Oberaufsicht führte, seinem Bruder Günther in Sondershausen stand zwar ein Anteil am Salzzoll zu, er hatte allerdings allein für das notwendige Feuerholz der Siedehütten Sorge zu tragen. Davon unberührt blieb der Anspruch der in Arnstadt und damit in der Oberherrschaft regierenden Linie der Grafen von Schwarzburg.